Astratto

Obbiettivo

per rivedere le prove da studi relativi alla coltura SARS-CoV-2 con i risultati della reazione a catena della polimerasi della trascrittasi inversa (RT-PCR) e altre variabili che possono influenzare l'interpretazione del test, come il tempo dall'insorgenza dei sintomi

Metodi

Abbiamo cercato LitCovid, medRxiv, Google Scholar e il database Covid-19 dell'OMS per Covid-19 fino al 10 settembre 2020. Abbiamo incluso studi che tentavano di coltivare o osservare SARS-CoV-2 in campioni con positività RT-PCR. Gli studi sono stati estratti in doppio ei dati sono stati riassunti in modo narrativo per tipo di campione. Se necessario, abbiamo contattato gli autori corrispondenti degli articoli inclusi per ulteriori informazioni. Abbiamo valutato la qualità utilizzando uno strumento di rischio di bias QUADAS 2 modificato.

Risultati

Abbiamo incluso 29 studi che riportano tentativi di coltura o osservazione di infezioni tissutali da SARS-CoV-2 in campioni di espettorato, nasofaringeo o orofaringeo, urina, feci, sangue e ambientali. La qualità degli studi era moderata con mancanza di rapporti standardizzati. I dati suggeriscono una relazione tra il tempo dall'inizio del sintomo al momento del test del campione, la soglia del ciclo (Ct) e la gravità del sintomo. Dodici studi hanno riportato che i valori Ct erano significativamente più bassi e le copie log più alte nei campioni che producevano colture di virus vivi. Due studi hanno riportato che le probabilità di colture di virus vivi si riducono di circa il 33% per ogni unità di aumento di Ct. Sei degli otto studi hanno riportato RNA rilevabile per più di 14 giorni, ma il potenziale infettivo è diminuito dopo il giorno 8 anche tra i casi con alte cariche virali in corso.

Conclusione

Per la trasmissione sono necessari virus vivi completi, non i frammenti identificati dalla PCR. Per definire l'affidabilità della PCR per la valutazione del potenziale infettivo, è necessario utilizzare test prospettici di routine su campioni di riferimento e colture e la loro relazione con sintomi, segni e cofattori del paziente. Quelli con una soglia di ciclo elevata è improbabile che abbiano un potenziale infettivo.