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I test PCR sono altamente sensibili e tendono a produrre falsi positivi

Il rilevamento dei virus mediante PCR è utile fintanto che se ne comprendono i limiti; sebbene rilevi l'RNA in quantità minime, è necessario prestare attenzione ai risultati poiché spesso non rileva virus infettivi.

 

Soglia del ciclo PCR (11-37) e coltura cellulare positiva (linea nera, da 100% a 0%). Le barre colorate indicano il numero di colture cellulari positive per ct per settimana dopo l'infezione (da 1 a 3 settimane). ( Jafaar / Raoult )

Già a metà marzo, SPR ha spiegato che i test PCR altamente sensibili tendono a produrre risultati falsi positivi e il loro valore predittivo individuale può facilmente scendere al di sotto del 50%.

I problemi con i test PCR sono numerosi:

  1. Può esserci contaminazione del kit di test su larga scala  , come sia gli Stati Uniti che il Regno Unito (e diversi paesi africani) hanno scoperto durante la fase iniziale della pandemia.
  2. Può esserci contaminazione del sito di test o del laboratorio, che ha portato a innumerevoli risultati falsi positivi , chiusure di scuole, quarantene di case di cura, eventi sportivi annullati e altro ancora.
  3. Il test PCR può reagire ad altri coronavirus. Secondo gli esami di laboratorio, ciò accade in circa l' 1% -3% dei casi se viene testato un solo gene bersaglio , come nel caso di molti (ma non tutti) laboratori e come la stessa OMS ha raccomandato di evitare test ambigui positivi / negativi risultati.
  4. Il test PCR può rilevare frammenti di virus non infettivi settimane dopo un'infezione attiva o da un'infezione di una persona di contatto, come confermato dal CDC statunitense .
  5. Il test PCR può rilevare virus vitali in quantità troppo piccole per essere infettive (vedi sotto).

Se il virus non è diffuso in una popolazione e non esiste un kit di test o una contaminazione di laboratorio e il test di laboratorio per almeno due geni target, il rischio di un risultato falso positivo è basso. Questo è il motivo per cui, ad esempio, la Nuova Zelanda a volte non ha avuto test PCR positivi per settimane nonostante i test frequenti.

Ma se c'è un'ondata di infezioni in corso, o se c'è stata una recente ondata di infezioni, o se i laboratori testano solo una sequenza genica o lottano con la contaminazione, le cose si complicano .

Un test PCR sta amplificando i campioni attraverso cicli ripetitivi. Più bassa è la concentrazione di virus nel campione, più cicli sono necessari per ottenere un risultato positivo. Molti laboratori statunitensi lavorano con 37-40 cicli , mentre molti laboratori europei lavorano con 30-40 cicli .

Il gruppo di ricerca del professore francese Didier Raoult ha recentemente dimostrato che ad una soglia del ciclo (ct) di 25 , circa il 70% dei campioni è rimasto positivo in coltura cellulare (cioè era infettivo); a un ct di 30 , il 20% dei campioni è rimasto positivo; a un ct di 35 , il 3% dei campioni è rimasto positivo; e ad un ct superiore a 35 , nessun campione è rimasto positivo (infettivo) in coltura cellulare ( vedi diagramma ).

Ciò significa che se una persona ottiene un risultato del test PCR "positivo" a una soglia del ciclo di 35 o superiore (come applicato nella maggior parte dei laboratori statunitensi e in molti laboratori europei), la possibilità che la persona sia infettiva è inferiore al 3% . La possibilità che la persona abbia ricevuto un risultato "falso positivo" è del 97% o superiore.

(Si noti che le cifre esatte dipendono dal test e dal laboratorio in questione e che se un campione era già positivo a una soglia di ciclo inferiore (ad esempio 20), le possibilità di contagio sono molto più alte.)

Juliet Morrison, virologa dell'Università della California, Riverside, ha spiegato al New York Times: “Qualsiasi test con una soglia del ciclo superiore a 35 è troppo sensibile. Sono scioccato dal fatto che la gente pensi che 40 potrebbe rappresentare un positivo. Un limite più ragionevole sarebbe da 30 a 35 ". Secondo il New York Times, fino al 90% dei test positivi a una soglia di ciclo di 40 sarebbe negativo a un ct di 30.

D'altra parte, un risultato negativo a una soglia del ciclo superiore a 35 non esclude ancora un'infezione covid, a causa del problema dei falsi negativi (es. Campione prelevato in modo improprio o troppo presto). Più recentemente, i ricercatori statunitensi hanno scoperto che i test su un singolo gene erano falsi negativi a causa di nuove mutazioni .

Le considerazioni di cui sopra sono valide a livello individuale. A livello aggregato, se il numero corretto di test PCR positivi aumenta improvvisamente, ciò indica certamente un'ondata di infezione. Il problema quindi è che in molti luoghi i test PCR hanno rilevato al massimo il 10% di tutte le infezioni.

In conclusione, mentre i test PCR in luoghi ad alto rischio come ospedali, case di cura e altri luoghi sensibili sono vitali e indiscussi, il vantaggio dei test PCR di massa nella popolazione generale, che costa miliardi a paesi di medie dimensioni, può essere un po 'più discutibile .

Fonte

https://swprs.org/the-trouble-with-pcr-tests/


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